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Nature Plants(IF=15.8)| SUMO修饰蛋白质组新方法提出!构建全新SUMO化蛋白质组数据库!

发布时间:2024-09-25
SUMO化遮盖是一种种关键性的译为后遮盖,SUMO分子式使用在E1产甲烷酶、E2通过酶和E3接入酶的直接参与下共价通过才是物球核蛋白质质赖氨酸残基上,在掌握仿真常绿树种的种子发芽进程期、膳食纤维信息传递和胁迫反馈中起着关键性目的。SUMO化球核蛋白质质和SUMO遮盖进程中有关于酶的损坏都有促使仿真常绿树种的种子发芽进程期不正确乃至死忙,这反映SUMO化遮盖在改善仿真常绿树种的种子发芽进程期健康成长进程中起着重要目的。鉴于现阶段在仿真常绿树种中被检测出的SUMO化球核蛋白质质量较少,从而SUMO 化在仿真常绿树种中的丰度较低且技术性性较高,从而检测SUMO化球核蛋白质质和 SUMO化位点是非常具备成就感性的。

2024年9月18日,南方科技大学的王鹏程客座教授(拜谱生物学战略合作小学科专家)及其研究团队在Nature Plants上发表了题为“Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis”的研究论文。该论文通过向拟南芥sumo1 sumo2突变体中插入赖氨酸缺失的SUMO1基因(K0-SUMO1),以开发了一大种两步来完成赖氨酸缺少SUMO生物富集方法步骤,创造出一个了奔驰e敞篷的动植物SUMO化淀粉酶质组数据分析库,为进一步探索SUMO化如何调节蛋白质功能提供了宝贵资源。

英文字母选择题:Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis

中文字幕题:拟南芥中高度敏感的位点特异性SUMO化蛋白质组学

先生发表期刊杂志:Nature Plants

反应成分:15.8

实验方法

图1研发思绪图

理论研究最终

01、拟南芥K0-SUMO1蛋清质多组分析

先前的研究表明sumo1-1、sumo2-1双突变体是没有办法正常发育的,因此作者先将K0-SUMO1基因片段导入sumo1-1、sumo2-1双突变体中,发现植物生长基本正常,并且通过Western Blot实验观察到K0-SUMO1植物中的蛋白可能具有功能性。因此,做者进十步用整合的2步亲和含有具体方法使用质谱定性分析,共鉴定到2000+个独特的SUMO化位点、1300个SUMO化蛋白,其中拟南芥SUMO化位点的位置更加多样化,会发生在不同的基序上,与其他真核生物不同。SUMO化蛋白质组的GO功能分析发现检测到的蛋白质主要在不同的核过程发挥作用,包括基因沉默、基因调控以及DNA修饰和修复。

图2 SUMO化体现淀粉酶质组(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

02、SUMO化淡化核蛋白和位点的安全验证

要安全验证风险的SUMO1蛋清,本研究通过原核表达系统获得重组SUMO化蛋白,并来了休外实验设计。作者随机选择了九个候选蛋白,通过免疫印迹法发现在SUMO1蛋白存在的情况下,这些候选蛋白都可以发生SUMO化。随后使用野生型和位点突变的重组SUMO1蛋白进行了体外SUMO化实验,以认证SUMO化表达位点,实验结果表明多个鉴定到的底物位点在体外仍可以发生SUMO化修饰。综上所述,SUMO化位点的定点突变和体外SUMO化实验进一步验证了组学方法鉴定结果的准确性。

图3 SUMO化淀粉酶和位点的身体核实(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

03、热捕获血清质组的按量比效

前面的实验结果发现在高温胁迫的拟南芥幼苗中鉴定出了1300个SUMO化蛋白。为了进一步评估SUMO化修饰如何调节蛋白质功能,本研究通过TMT血清质组学比较了热应激前后潜在SUMO化蛋白丰度变化。结果发现在30分钟热应激后,有1,666个和429个蛋白质分别显示出明显上调和下调。在SUMO化的底物中,共鉴定出435个蛋白质,其中有128个蛋白质上调,16个蛋白质下调。因此,这些结果表明SUMO化修饰可能与目标蛋白质的稳定性增加相关。

图4 依据TMT的化学发光法膳食纤维质组学(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

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本研究从蛋清质组的分析角度提供了关于SUMO化作用的生物学功能和位点特异性的信息。通过将赖氨酸缺失突变体SOMO1(K0-SUMO1)引入转基因拟南芥,以制定1种机灵度比较高的SUMO化淀粉酶纯化和质谱的检测的方法。这种方法从热处理的KO-SUMO1幼苗的1300个SUMO1蛋白中鉴定出超过2200个SUMO1化位点,并通过体外实验验证了方法的准确性,显著地加深了我们对植物SUMO1的理解。热勾起血清一定量较好表明SUMO化修饰增强了SUMO1受体的稳定性。总之,本研究为SUMO化修饰的检测提供了新的方法,为探索SUMO化蛋白功能奠定了重要基础。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司,可提供蛋白组、修饰组、代谢组、转录组、时空组等组学产品,SUMO化绘制语淀粉酶酶质组为针对特点绘制语产品设备,利用高效率的聚集技木、顶尖的Astral医疗仪器可实行SUMO化淀粉酶酶和位点的优质化量验出。此外,王鹏程教学用于拜谱科研医疗团队全体成员,在成品研发部门环节中为我们公司出示靠谱改进措施和考核评价,以更好的产品回馈大家,欢迎大家咨询!

借鉴论文论文参考文献:Sang T, Xu Y, Qin G, et al. Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis. Nat Plants. 2024;10(9):1330-1342. doi: 10.1038/s41477-024-01783-z.

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