
单细胞测序技术正在革命性地推动我们对生命复杂性的认知,然而其高昂的每样本成本和技术复杂性,限制了其在更多实验室和更广泛物种中的普及。尽管多重样本标记技术能有效“降本增效”,但现有的方法往往受限于抗原植物物种非特异聊天、寡核苷酸体现投资成本偏贵或运作工艺流程有难度。近日,南方海洋科学与工程广东实验室(广州)的陈凯院士团队协作在Journal of Genetics and Genomics上发表了一项创新性方法学研究,提出了一种名为HEATag的新型样本标记策略,为我们提供了一个成本控制价、跨植物物种、全网络平台兼容的全新解决方案。
论文期刊简绍
Journal of Genetics and Genomics (JGG)是由华人现代数系遗传的的基因性与骨骼发育微大分子海洋生命科学理论研所和华人现代遗传的的基因性法学会主办方的世界学术性讨论杂志中文核心中文核心期刊论文,秉承于简讯生命的意义数学和临床遗传的的基因性学这个范围的创作者性理论实验科研成果。JGG 2021年度干扰指数公式7.1,Scopus学术性讨论杂志中文核心中文核心期刊论文口碑指标体系CiteScore 9.9,跃居JCR 2021年度GENETICS & HEREDITY这个范围Q1区(Top 10%),BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY这个范围Q1区,跃居华人现代数系杂志中文核心中文核心期刊论文磁盘分区微大分子海洋生命科学种类别1区(Top杂志中文核心中文核心期刊论文),遗传的的基因性学和生化模式与大分子微大分子海洋生命科学小类双1区。BIOPROFILE
哪些是HEATag
婉转的“二一体化”制作
HEATag是由凝集素和HUH内切酶涉及的融入血清
「产品定位器」模快 - 凝集素
能够识别细胞膜上广泛存在且高度保守的糖基化表达(如GlcNAc和Neu5Ac)。
「接连器」电源模块 - HUH内切酶
可以序列特异性地与普通的、无需化学修饰的单链DNA(ssDNA)字段长条码来进行共价进行连接。
“1+1>2”的功效:将两者融合,得到的HEATag蛋白既能通过凝集素牢牢锚定在细胞膜上,又能通过HUH蛋白携带特定的DNA条形码进行样本量标签与溯源系统。
Fig1: HEATag多厚符号原因示图图
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入门查验
HEATag知乎问答有可以打?
能够在有所不同要求下,进行母乳喂奶植物神经细胞核系单神经细胞核混样测序
实验室里的设计再精妙,也要经过真实样本的 “实战考验” 才算数。论述团队协作为 HEATag 设为了多轮 “水压公测”,从神经组织细胞系到神经组织细胞结构,从常温状态到低温制冷的效果,从新鲜范本到加固范本,全周边所有地方查验它的保持稳定义和稳定性性。
第一次轮检测针对性喂乳猎物上皮血细胞膜系:研究探讨员工挑选了产自人、鼠、仓鼠五个种群的两类上皮血细胞膜(HEK293T、K562、MEF、CHO),在空调温度使用 HEATag 记号后混后测序。既定收集的 11447 个上皮血细胞膜中,85.66% 都能采用 HEATag 条状码精确性配备到原种群,样表间平行感染不多,UMAP 聚类分享法分享也简单证明书,HEATag 条状码与种群特情人dna组特征英文超高一致性。 完后,测试仪状况进一步明确骤晋升:的研究职工试着在 4℃下图标剥好内部、在高温下图标甲醇规定内部,甚至是能够图标内部核。结局显示即使亮眼睛:全部的状况下,样表量价格标签与种群数据均具特好的关联性,切分明确率超 95%。纵使甲醇规定会形成一些的转录本交叠被污染,内部核制得也有几瓶 RNA 离职,内部类别的标注结局显示即使与剥好样表量保证保持一致,证件 HEATag 能够图标差异治理 状况下的实验英文样表量。
Fig2: HEATag 可在与众不同必要条件下完工单受损细胞转录组混样分享
会标记符号哺乳期间软体各种动物和大海无脊柱软体各种动物的原代上皮细胞
一旦说細胞系系测试仪是 “基本知识题”,那策划 样表也是 “增添题”, 许多样表必然因細胞系类非常复杂、自然环境顺应性特异,成标注技能的 “关键问题”,而 HEATag 恰恰舞在许多 “关键问题” 上彰显了优势可言。研究团队选择了大鼠和小鼠的睾丸组建,这类样本包含精原干细胞、精母细胞、精子细胞等多种类型,对标记一致性的要求极高。实验中,两种动物的睾丸用特异性 HEATag 条形码标记后混合测序,最终获得的 14663 个细胞实际上能被明确判断,那些基本癌细胞类别的聚类分析报告单都分明可辨。
更令人惊喜的是HEATag对海洋资源动物的自适应性。HEATag能在海水的等渗溶液中标记新鲜的海洋动物细胞(如海月水母、大西洋海刺水母)。研究人员用人工海水稀释的HEATag 标记了水母和珊瑚的组织细胞后在 BD Rhapsody 平台测序,最终回收的 6452 个细胞中,HEATag 条型码与种群转录组兼备较高相独立性,不会展现因高盐情况造成的的 “标识损坏”。后续对甲醇固定的海洋生物细胞测试结果显示,HEATag 在固定样本中的拆分效果优于新鲜样本。
Fig3: HEATag 可满足蒲乳期宠物组织机构模本丰富 scRNA-seq 具体分析
Fig4: HEATag可变现最新海底无脊椎神经植物多厚 scRNA-seq 分享
HEATag与神经细胞的构建不容易造成的转录组的相关性提升
对样本标记技术来说,“不影响样本本身的 RNA 特征” 是底线。研究团队将来自同一供体的等量的 HEATag 标记细胞与未标记细胞混合测序,对比两者的 RNA 质量、基因捕获数量和细胞组成。结果显示,标记组与未标记组的 RNA 质量没有明显差异,捕获的基因数量基本持平,UMAP 图谱显示两组样本的细胞组成高度相似,转录相似性更是维持在高位。无论是细胞簇的注释结果,还是不同细胞类型的基因回收数量,两组都几乎一致,没有出现 “标记导致的基因表达异常”。这意味着,HEATag在到位箭头工作的同時,不想对之后的转录混合物析会导致电磁干扰,提高了探讨参数的实在性。
Fig5: HEATag会影响力范例的 RNA 表达出摸式
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未来是什么可期
HEATag 能为单细胞膜探究引发啥子?
HEATag 的交换价值,远不知于 “很好解决记号一些问题”,它的机灵性和共通性,时未为单受损细胞理论研究打开更加也许 性
从应用软件消费场景看看
HEATag 能合并从 “方便特别探讨”(如癌组识与日常组识、药材治疗与参考)到 “大建设大小学习”(如组识肿瘤组织细胞图谱画出、高通骁龙量选择)的全位置使用需求。跟随 PIP-seq、Stereo-cell 等新型的可扩张高技术的经济发展,HEATag 还能进这一步升高单肿瘤组织细胞学习的通量,四轮驱动科研管理技术团队深入推进更好 建设大小的大型项目。从跨领域优势方面看
HEATag 往往符合于转录组学,还能与表观dna组学、营养素质组学、三维空间组学等高技术设备构建,能够 个性检索和寡核苷酸字段,HEATag 行轻轻松松融进各不相同的组学程序,不直接影响数据信号截获强度。并且,应用场景HEATag还行趋势单细胞膜糖组学科研高技术设备。BIOPROFILE
合作关系静态
拜谱生物学与陈凯院士实现过程媒体合作需求
适合青睐的是,在 HEATag 高技术用途水平显流露出很大app发展空间的底色下,拜谱微生态学已与华南地区海洋环境生态学科学的与市政工程山东试验室(西安)陈凯专家确定首次合作协议的想法。甲乙双方筹划紧扣 HEATag 高技术用途水平的全产业链化下地、教学科技创新有效的转化等教育领域拉伸淬硬层协同工作任务,推进这一项低资金、跨动物群的单癌体细胞系箭头高技术用途水平变快app于实际的教学科技创新场景中,为其他试验室带来更高效、城市发展的单癌体细胞系研究探讨交通工具,动力教学科技创新工作任务者在癌体细胞系微生态学学、海洋环境生态学微生态学学、消化道疾病机能等教育领域赢得其他翻过