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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已呈现出多方面的微生物可溶性，具有抗癌症和抵抗疾病毒功效。常见，三萜是在甲羟戊酸行业提炼的，并从具有草木和白色念珠菌中截取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发表论文提纲了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的理论理论研究论文提纲。该理论理论研究遇到三萜类无机化合物野生灵芝粉酸（GA）是在气体培養的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的怪物转变会所产生的。利用转录组和淀粉酶质组学技術进步骤摸索无柄虫草菌丝体中DHT会所产生每种虫草酸（GA）的缘由，并依据多个学技術检测工具到的之间的关系遗传基因和之间的关系淀粉酶，推算DHT 怪物人工 GA 的手段。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录类物质析和作用的分类

确认对无柄虫草念珠菌菌丝体去转录组测序共收获67230个转录本和1429七个单表观遗传。在这样单表观遗传中，495个被技术鉴定为相互影响展示表观遗传（DEGs），里面213个展示调涨，279个展示降低（图1A）。GO聚集解析后，DEGs分类生态学的环节中（BP）、癌细胞系组分（CC）和分子式系统（MF）3类。在BP类中，有了前八个子类：抗菌素拆解产生的环节中，醋酸钠盐产生的环节中和甲酸盐产生的环节中;而在CC类中，癌细胞系外区、突触分手后复合体、突触机构是前八个亚类。而对于MF类，甲酸脱氢酶（NAD）生物、防氧化恢复备份酶生物和酸氨（或酰胺）联接酶生物是前八个亚类（图1B）。在DEGs的KEGG4g信号通道解析中，前30条聚集度非常高的4g信号通道含有27条隶属于产生，里面甲烷气体产生、乙醛酸盐和二羧酸盐产生、丙酸盐产生4g信号4g信号通道有明显聚集（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和系统总类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

采用对无柄野生灵芝白色念珠菌菌丝体知道血清质组学介绍，大概知道了16,457种独具特色肽、2606种血清质和2588种降钙素原检测血清质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的需求水平下，在此2606种血清质中，94种被判定为异同展现血清（DEPs），在这当中52种调涨，42种上涨（图2A），图2C界面表现了异同展现血清的聚类数值了解介绍热图。从GO介绍一起来看，BP专业类别界面表现，几乎数DEPs参与性冰醋酸盐分泌整个全时候、抗菌素拆解的分泌整个全时候和用药拆解的分泌整个全时候。CC类DEPs在人体血上皮细胞核外区、过钝化物酶体和微体中的比例怎么算为更高，钝化抹除酶催化灵活性和甲酸脱氢酶（NAD）催化灵活性在MF类中DEPs的比例怎么算更高（图2B）。与转录组毕竟相拟，KEGG环路介绍界面表现，无数DEPs在分泌中菌物学聚集，在这当中3条最菌物学聚集的方式是光合菌物学中的碳固wifi定地理位置、碳分泌和MAPK信息环路（图2D）。虽然，采用介绍GO数值库的CC对DEPs知道亚人体血上皮细胞核wifi定位介绍和注解（图2E），DEPs最大部分的数据分布在人体血上皮细胞核质（40.66%）、人体血上皮细胞核膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），策略上是GAs菌物学聚合的最大部分的地理位置。

图2|淀粉酶质组的降钙素原检测定性分析和基本功能手机验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

养家糊口物转换和比对组备选DEGs和DEPs做了维恩图，有20个差异化传达表观遗传（图3A）。对转录组和蛋清质组中E组和C组通用的DEGs/DEPs通过聚类算法探讨，发觉mRNA和蛋清质之中有19个调涨表观遗传和9个调低表观遗传，DEGs二者翻泽的DEPs传达的水平呈正关联，应用场景Pearson的关联指数探讨，在转录组和蛋清质组之中检侧到比较高的关联性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）加测报告单现示，E组和C组15个DEGs的形容总体水平之间的关系相关系数，但其中9个为调整DEGs，5个为调低DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的形容新趋势与转录混合物析报告单不一。

图3|核营养素组的定量了解了解和功能键查证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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