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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿装置最喜欢见的病症最为。肾组织性中CaOx尖晶石过饱合的堆积会导至肾小管細胞磨损和凋亡,所以导至肾结石的构成。短链肌肉多酸由消化道内生物滤池病毒沤肥伙食植物纤维诞生,不但在不规则消化道障壁中充分调动效果,同时还在装置横向上也充分调动要点效果。另外,丁酸是最充沛的短链肌肉多酸,包括抗感染和免役抑止效果,本刍议刍议丁酸对CaOx肾结石的效果基本潜在性靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山医院门诊泌尿内科吴忠传授、周子健医学博士于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠医学博士生导师、周子健医学博士在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱生物制品与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了网格药学学业务,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

新闻稿件称呼:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 业主企事业单位:华山机构 科学研究喜欢的人:大鼠、HK-2细胞系 分组进行信息查询:對照组(Con)、模型工具组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱出示水平:网上临床药理学检侧

难点程序过程流程图

深入分析结论

探讨员首要建设方案大鼠整治,在内分泌系统血生化要求和企业方面的问题学固色等探讨科技手段得知丁酸会遏制CaOx整治大鼠肾CaOx结晶的成型和损坏,改变CaOx整治大鼠的发炎损坏和氧化反应物物的过头表答。除外,丁酸还可遏制草酸分析的HK-2神经元损坏、氧化反应物应激性和神经元凋亡。 为科学探究丁酸组成和靶什么是表观遗传无线数据网,深入解析一下员工从PubChem获利丁酸和丁酸酯的二维和3D组成(图1A)。确认PharmMapper统计资料显示库和Uniprot统计资料显示库处置后共淘汰出117个丁酸靶什么是表观遗传供进一个步骤解析一下。将什么是表观遗传详细介绍信息拷贝到STRING统计资料显示库,展开PPI无线数据网解析一下。Cytoscape说出了顺序的前20的联络线靶什么是表观遗传的详细介绍无线数据网图,分为CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。那些联络线什么是表观遗传与无线数据网中的其他的什么是表观遗传均表演出必定的关于性,阐述那些什么是表观遗传已经激发着联动目的。GO和KEGG解析一下具体分析了丁酸联络线什么是表观遗传的关于手段和生物体技术学工作(图1C)。联络线什么是表观遗传必要的与类固醇雄生长激素回话、被氧化想法迟钝应激性性回话、抗逆性氧肿瘤细胞对类固醇雄生长激素的刺激的想法迟钝、对酸碱性化工有机化合物的想法迟钝密切相关。总而言之表述,那些联络线什么是表观遗传必要的通过了被氧化想法迟钝应激性性和对抗逆性氧的生物体技术想法迟钝的过程,是肾结石建成机制化中意义重大的的手段,这表述丁酸已经在肾结石中激发必要的目的。

图1| 丁酸空间结构与靶染色体网络上介绍(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进步挑战丁酸对CaOx肾结石着实切靶染色体组,探讨员用GEO数据表格统计库对GSE73680中安全差表与CaOx肾结石提高的染色体组对比设计分析做出了探讨。差表组与CaOx结石提高的为差异性性对比设计分析理解染色体组(DEGs)肿瘤筛查标准为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共需求到3783个染色体组发生为差异性变动,在当中3379个(89.4%)染色体组理解调涨,404个(10.6%)染色体组理解上涨(图2A)。对DEGs做出聚类算法算法设计分析,热图表现了前10个被选中DEGs的二维逐层聚类算法算法特征描述(图2B)。随着,探讨员确认GeneCards数据表格统计库劳动力司法鉴定了370个已经与CaOx肾结石涉及的染色体组,网站排名前20位的预计染色体组和其涉及性评分表右图2C如图是。成了发现丁酸治愈CaOx肾结石的要素靶点,探讨员将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石涉及染色体组治理 得以好几个个Venn图。然后,CYP2C9被敲定为丁酸影响力CaOx肾结石的风险靶点(图2D)。再者,探讨员还做出了丁酸与CYP2C9的氧分子衔接,CYP2C9的几个核苷酸残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸之间用处,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在凭借微信网络药理学学预测分析CYP2C9是丁酸应响CaOx肾结石的靶DNA后,钻研师还在受损血细胞检测表明了CYP2C9可减低草酸分析的HK-2受损血细胞的ROS总体水平、宫颈炎症神经损伤和凋亡。

图2| 往往据库共同研究分析分析预测CYP2C9是丁酸影响于CaOx肾结石的靶染色体

研究方案没想到

本探析第一步出现 丁酸在身体之外和人体内均能促使作用CaOx肾结石型号的硫化应激性性和疾病损害,己经实现网洛临床药剂学学挑选能够得到丁酸损害CaOx肾结石的意向靶点——CYP2C9,第三实现受损细胞膜试验确认CYP2C9在草酸盐促进的HK-2受损细胞膜ROS平行、疾病损害和凋亡。哪些出现 说明丁酸有可能实现促使作用CYP2C9来促使作用CaOx肾结石的硫化应激性性,改善疾病损害。一项操作过程中拜谱怪物工程供应了网洛临床药剂学学技术应用设备安全服务管理,再者拜谱怪物工程可加快发育成熟逐步完善的什么是基因组学、氨基酸质组学、分解代谢组学等两组学类产品及技术应用设备安全服务管理,的欢迎详询质询! 分类文献:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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