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新品发布|乳酸化的逆袭兄弟,衣康酸化修饰蛋白组强势来袭!

发布时间:2025-01-20

老是充当化工厂原科而被耳熟能详的衣康酸(Itaconate,ITA),与乳酸从“细胞代谢废弃物”是“产品小分子结构”的坚辛经历形似,终究会近二十多年才被遇到其非常重要的生物制品学功能键,从此以后“翻盘农奴把独唱”,尤其免役感染性急病深入分析业务领域内与时共进。某个数篇文献资料报导了在各个感染性急病的绿色绘图中寄予衣康酸或其催化绘制繁衍物制品的中药治疗益处,并遇到其潜在的靶点。光于衣康酸的“下一世”与“这辈子”,具体情况见推书《乳酸的学渣逆袭表兄弟——衣康酸!篇文章陪你熟知 衣康酸》。

拜谱生物正式推出基于化学蛋白质组学的衣康硝化作用体现核蛋白组学产品,实现1000+什么难以理解的度掩盖位点查出,平稳再现金典靶点,全八卦方位生信分享解析靶点蛋白功能信息,发现新靶点,并提供从“看见”到“核实”全流程图提供服务,为深度理解衣康酸及其衍生物在不同疾病研究中的作用机制提供重要依据。

PART 1

01、实验室步奏

02、测评的数据

03、经“点”初现

在场地实测数据显示中,验出2个资料中通讯稿的经曲靶点举例衣康酸呈现位点,如一是个被得知的衣康酸共价呈现淀粉酶酶KEAP1,还糖酵解信号通路中的3个主要酶如LDHA、GAPDH、ALDOA,与炎性小体组成部分淀粉酶酶NLRP3和细胞膜挫裂历程中的主要淀粉酶酶RIPK3等,其质谱图有以下图如下。

04、类产品的特点

1.多沉质控

企业化特情人电极孵育、SDS-PAGE检查测量、WB印证、子样本有关于性分析一下等一定要多坐向位检查测量,提高认识该项目没想到准确性。

2.高性质谱检测设备游戏平台

在Orbitrap Astral全新一波的名将高辨别好坏质谱仪六道金刚咒下,做到衣康硝化作用遮盖位点及蛋白酶亲子鉴定新进一步,四轮驱动学科科技研究发现了。

3.全程序站台式安全服务

依托于拜谱动物完美的實驗系统,可打造“组织细胞训练→电极孵育→WB检侧→玄妙度衣康过酸突显检侧→专业生信阐述→某个位点PRM验正”全工艺流程服务性,省时杠杆原理更实惠。

05、探讨內容(地方)

06、操作导向

PART 2、论文分享图片

文献综述一

因为宝贝标题:Chemoproteomic profiling of itaconation by bioorthogonal probes in inflammatory macrophages(Journal of the American Chemical Society,Q1,2020)

中文版主题:炎症巨噬细胞中生物正交探针的化学蛋白质组学分析

研究方案主要内容:本研究首次报道了基于衣康酸类似物OI,设计合成了适用于活细胞标记的衣康酸生物正交探针(ITALK),并实现了对炎症巨噬细胞中衣康酸修饰位点的直接鉴定。共鉴定出862个衣康酸化蛋白、1131个半胱氨酸位点,且存在18个赖氨酸和8个组氨酸的衣康酸修饰。这些修饰底物中包括了许多参与到炎症免疫响应和宿主防御相关调节通路中的关键蛋白,例如炎性小体、信号转导、转录和细胞死亡相关蛋白,暗示衣康酸可通过调节多种通路来影响巨噬细胞功能。作者们选取了几个新发现的修饰蛋白BRI3B、WIPI3和RIPK3并通过点突变实验对其修饰位点进行了验证。本研究为理解衣康酸在巨噬细胞炎症反应中的作用机制提供了丰富的数据支持。

(图源:Qin, Wei et al.,J Am Chem Soc. 2020)

期刊论文二

国外英文名称:4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation(Cell Reports,Q1,2023)

中文翻译标题文字:4-辛基衣康酸通过阻断STING蛋白棕榈酰化来抑制其活性

探讨主要内容:cGAS-STING轴在防御外来病原体和维持免疫稳态中起着至关重要的作用。虽然在了解巨噬细胞活化过程中发生的代谢变化方面已经取得了实质性的进展,但对这些代谢变化如何影响cGAS-STING轴却知之甚少。在这项研究中,作者确定衣康酸的衍生物4-辛基衣康酸(4-OI)抑制cGAS-STING的激活。此外,作者发现4-OI抑制cGAS-STING相关的抗病毒免疫反应和自身免疫性炎症。然而,作者发现内源性衣康酸不影响cGAS-STING激活,表明4-OI和衣康酸的功能不同。从机理上讲,研究发现4-OI直接烷基化STING上的Cys91,阻断STING棕榈酰化和寡聚化。4-OI对STING的烷基化代表了STING的另一种翻译后修饰(PTMs)。该研究的发现揭示了cGAS-STING功能通过4-OI烷基化进行调节的机制,并为不同类型PTMs之间的串扰提供了见解。

(图源:Su, Chaofei et al.,Cell Rep. 2023)

PART 3、情况衍生品策略

蛋白质的S-脂酰化(S-acylation)是指脂肪酸与半胱氨酸的巯基通过硫酯键相连。最典型的是棕榈酸,即S-棕榈酰化。催化这一反应的酶属于蛋白质酰基转移酶(protein acyltransferase,PAT)家族,含有DHHC(Asp-His-His-Cys)序列,所以称为DHHC-PAT。由于DHHC基序形成锌指结构域,因此编码这些酶的基因称为含锌指DHHC(zDHHC)。现已发现24种人类zDHHC基因,命名为zDHHC1- 24(无zDHHC10,有zDHHC11B)。这些zDHHC之间的底物亲和力和催化活性差异很大,其中zDHHC17和zDHHC13还具有较可以的底物切合性能,而zDHHC3和zDHHC7具有高效的S-酰化作用。

S-棕榈酰化通过两步机制进行(如下图)。第一步是DHHC基序中的半胱氨酸残基被来自棕榈酰-CoA的棕榈酸酰化,形成酰基酶中间体,这一步通常称为自棕榈酰化。第二步是将棕榈酰基部分转移到蛋白质底物中的半胱氨酸巯基上。

(图源:Anderson, Alison M et al.,NPJ Breast Cancer. 2016)

值得一提的是,在拜谱微生物衣康碱化呈现组测量信息中,发现zDHHC13有3个半胱氨酸残基被衣康过酸突显(详细图)。不妨设想,zDHHC13的半胱氨酸残基被衣康酸烷基化,影响其自棕榈酰化,进一步影响其靶蛋白的棕榈酰化,进而影响相应的生物学功能,为相关机制机理研究提供新思路。

PART 4、拜谱个人总结

做TCA间歇中的两边消化吸收率物,衣康酸上下调整消化吸收率、天然免疫抗体检测和炎症病变病变期间的相互之间功效,为实现改善天然免疫抗体检测炎症病变病变性症状保证了替换实现改善管理策略。衣康酸设计类型中的亲电性α,β-不饱和状态羧酸设计类型能对球蛋白酶质上的渗透性半胱氨酸残基实现烷基化呈现(迈克尔增加现象),这样汉语翻译后呈现被称呼“衣康酸呈现(itaconation)”,行而反应球蛋白酶质模块,国家宏观调控天然免疫抗体检测回复和消化吸收率路线,为多症状类药物新产品研发保证新思绪。

拜谱生物作为国内领先的多组学公司,全新推出基于化学蛋白质组学的衣康碱化绘制核蛋白组学产品,在全流程高精密仪器和高特异性生物正交探针加持下,可实现高精度、高深度的一站式衣康酸化修饰组检测。另外,可搭配拜谱生物医学专业絕對一定量靶点代谢转化组(QMT1000)或能量场细胞基础代谢靶向治疗细胞基础代谢组货品对衣康酸及其类似物进行靶向绝对定量检测。多组学强强联手,有助于深入理解衣康酸化修饰的功能及其调控机制,为疾病机制机理研究提供科学依据,从而在指导靶向药物设计、疾病治疗等方面创造无限可能。欢迎咨询!

参看文献综述

1. Qin W,Zhang Y,Tang H, et al. Chemoproteomic Profiling of Itaconation by Bioorthogonal Probes in Inflammatory Macrophages. J Am Chem Soc. 2020;142 (25):10894-10898. 2. Su C,Cheng T,Huang J, et al. 4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation. Cell Rep. 2023;42 (9):113040. 3. Anderson AM,Ragan MA. Palmitoylation: a protein S -acylation with implications for breast cancer. NPJ Breast Cancer. 2016;2:16028.
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